Η Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία δεν είναι Εκκλησία αλλά ομολογία ή κοινότητα, σύμφωνα με την απόφαση που έλαβε η Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος. Το ίδιο ισχύει και για τις άλλες γνωστές Εκκλησίες όπως είναι η Αγγλικανική και η Λουθηρανική.
«Είναι αιρετικοί και δεν μπορούμε να τους δώσουμε εκκλησιαστικότητα» υποστήριξαν οι Μητροπολίτες Πειραιώς Σεραφείμ και Κυθήρων Σεραφείμ. Μέσα σ΄αυτό το κλίμα η Ιεραρχία με απόφασή της θα προτείνει όλες οι αναφορές που γίνονται στο κείμενο περί των «σχέσεων της Ορθοδόξου Εκκλησίας προς τον λοιπόν Χριστιανικόν Κόσμον» να αλλάξουν και όπου υπάρχει η λέξη «Εκκλησία», εκτός της Ορθόδοξης, για να προσδιορίσει τις σχέσεις με τις άλλους χριστιανούς αυτή να μετονομαστεί σε ομολογία και κοινότητα.
Έτσι π.χ. η φράση του κειμένου που αναφέρει ότι «αι προοπτικαί των θεολογικών διαλόγων τις ορθοδόξου εκκλησίας μετά των άλλων χριστιανικών εκκλησιών καί ομολογιών προσδιορίζονται πάντοτε επί τη βάσει των κανονικών κριτηρίων της ήδη διαμορφωμένης εκκλησιαστικής παραδόσεως» με την παρέμβαση της Ιεραρχίας θα πρέπει να αλλάξει και να αναγράφεται στο κείμενο: «αι προοπτικαί…. (…) της Ορθοδόξου Εκκλησίας μετά των άλλων χριστιανικών κοινοτήτων και ομολογιών….(..)».
Η απόφαση αναμένεται να προκαλέσει αίσθηση καθώς επί δεκαετίες η Εκκλησία της Ελλάδος μετέχει στο διάλογο που διεξάγεται με την Ορθόδοξη και την Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία και ουδέποτε έχει εγείρει τέτοια θέματα. Όπως εκτιμάται άλλες Ορθόδοξες Εκκλησίες, όπως το Οικουμενικό Πατριαρχείο, το Πατριαρχείο Ρουμανίας ή Αρχιεπισκοπή Πολωνίας θεωρούν αδιανόητες τέτοιου είδους παρεμβάσεις. Άλλες όμως Εκκλησίες όπως το Πατριαρχείο Βουλγαρίας ή το Πατριαρχείο Γεωργίας έχουν εκφράσει τις ίδιες θέσεις.
«Δεν μπορούμε να λαμβάνουμε τέτοιες αποφάσεις» υποστήριξαν οι Μητροπολίτες Δημητριάδος κ. Ιγνάτιος και Μεσσηνίας κ. Χρυσόστομος, ενώ ακόμη και ο Μητροπολίτης Νέας Σμύρνης κ. Συμεών ο οποίος παραιτήθηκε από την αντιπροσωπεία της Εκκλησίας της Ελλάδος που θα συμμετάσχει στην Αγία και Μεγάλη Σύνοδο πήρε αποστάσεις από τις ακραίες αντιλήψεις που εξέφρασαν οι λεγόμενοι συντηρητικοί Μητροπολίτες. Αντίστοιχη ήταν και η στάση του Μητροπολίτη Περιστερίου κ. Χρυσοστόμου.
Εντύπωση προκάλεσε και το γεγονός ότι καταβλήθηκε κάθε προσπάθεια να αφαιρεθούν και οι αναφορές για το Παγκόσμιο Συμβούλιο Εκκλησιών, αλλά απορρίφθηκε.