Εκτός των δύο ιερωμένων, κατηγορούμενοι για την υπόθεση της Μονής Βατοπεδίου είναι άλλα 12 πρόσωπα, μεταξύ των οποίων η συμβολαιογράφος Κατερίνα Πελέκη, οι δικηγόροι Διονύσης και Δημήτρης Πελέκης, πατέρας και αδελφός της κατηγορουμένης, ο πρώην πρόεδρος και ο πρώην Διευθύνων Σύμβουλος της Κτηματικής Εταιρείας του Δημοσίου Πέτρος Παπαγεωργίου και Κωνσταντίνος Γκράτσιος, ο πρώην Γενικός Γραμματέας του υπουργείου Γεωργίας Κωνσταντίνος Σκιαδάς, η πρώην Διευθύντρια του υπουργείου Ανάπτυξης Σταματούλα Μαντέλη, ο πρώην αντιπρόεδρος και μέλη του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους κ.ά..
Οι κατηγορούμενοι αναμένεται να λογοδοτήσουν είτε ως φυσικοί, είτε ως ηθικοί αυτουργοί σε πράξεις απιστίας και ψευδών βεβαιώσεων.
Η υπόθεση αφορά την παράδοση από την Μονή στο Δημόσιο, της Λίμνης Βιστωνίδας και των παραλιμνίων εκτάσεων της με αντάλλαγμα ακίνητα του Δημοσίου. Η εν λόγω ανταλλαγή, που κατά την δικογραφία προκάλεσε ζημία στο Δημόσιο, έγινε την περίοδο 2006 – 2008 και στηρίχθηκε στην προηγούμενη παραδοχή εκ μέρους των αρμοδίων κρατικών υπηρεσιών ότι η αγιορείτικη Μονή έχει στην ιδιοκτησία της την Βιστωνίδα από το 1080 οπότε της έγινε σχετική δωρεά από τον τότε βυζαντινό Αυτοκράτορα με χρυσόβουλο.
Κατά την δικογραφία, οι κατηγορούμενοι εν γνώσει τους «παρερμήνευσαν το περιεχόμενο των χρυσόβουλων που επικαλείται η Ιερά Μονή ως τίτλους ιδιοκτησίας, υιοθετώντας τους ισχυρισμούς της με ατεκμηρίωτες και προσχηματικές αιτιολογίες με αποτέλεσμα οι ενέργειες τους να πλήξουν τα συμφέροντα του Δημοσίου».
Σημειώνεται ότι αρχικά για την υπόθεση οι κατηγορούμενοι ήταν 32, ωστόσο με βούλευμα του Συμβουλίου Εφετών απαλλάχθηκαν 18, καθώς οι Εφέτες έκριναν ότι δεν προέκυπταν στοιχεία ικανά για την παραπομπή τους σε δίκη.
Το βούλευμα είχε αναιρεθεί από τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Γιώργο Μποροδήμο, ο οποίος μεταξύ άλλων είχε κρίνει ότι στερείται ειδικής και εμπεριστατωμένης αιτιολογίας. Η αναίρεση δεν είχε γίνει δεκτή από το ποινικό τμήμα του Αρείου Πάγου που τον περασμένο Νοέμβριο, απέρριψε τις αιτιάσεις του αντεισαγγελέα.