Στην άσκηση ποινικής δίωξης σε βάρος του πατέρα Αντώνιου, της πρεσβυτέρας Σταματίας Γεωργαντή, ενός εργαζομένου στην Κιβωτό του Κόσμου κι ενός συγγενικού προσώπου του ζευγαριού προχώρησε η εισαγγελία της Αθήνας για τα κακουργήματα της απιστίας, της υπεξαίρεσης και του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Τόσο ο κληρικός όσο και η σύζυγός του στις εξηγήσεις που κλήθηκαν να δώσουν στον εισαγγελέα φέρονται να αρνήθηκαν κατηγορίες που τους αποδίδονται.
Στη δικογραφία αναφέρεται ότι το ζευγάρι εμφανίζει τεράστιες δαπάνες χωρίς αιτιολογία, όπως η αγορά ακινήτου στην Πωγωνιανή και τα έξοδα για τις επισκευές που έγιναν σε αυτό. Η κατηγορία της απιστίας πλην αυτών των δεδομένων φαίνεται να σχετίζεται και με εκταμιεύσεις 2.000.000 ευρώ από τα ταμεία της Κιβωτού για τα οποία δεν υπάρχουν παραστατικά. Κατά τις εισαγγελικές αρχές τα χρήματα αυτά εκταμιεύτηκαν για άλλους σκοπούς από αυτούς που υπηρετεί η οργάνωση.
Η υπεξαίρεση που βαρύνει τον πατέρα Αντώνιο και την πρεσβυτέρα αφορά τα χρήματα και τιμαλφή ύψους περίπου 470.000 ευρώ που βρέθηκαν στο διαμέρισμα της οργάνωσης που χρησιμοποιούσε ο πατέρας Αντώνιος, αλλά και τα χρήματα, τα κοσμήματα και τις χρυσές λίρες που εντοπίστηκαν σε θυρίδες. Τέλος αφορά και ποσό 300.000 ευρώ που φέρεται να λείπει από τα διαθέσιμα της οργάνωσης.