Στις 14 Σεπτεμβρίου 1999 ο Γιάννος Κρανιδιώτης μαζί με το γιο του και άλλους υπηρεσιακούς παράγοντες μετέβαινε με το υπηρεσιακό αεροσκάφος τύπου Φάλκον της Ελληνικής Κυβέρνησης στο Βουκουρέστι, προκειμένου να συμμετάσχει σε Διαβαλκανική Διάσκεψη των υπουργών Εξωτερικών.
Είκοσι λεπτά πριν την προσγείωση, το αεροσκάφος υπέστη σφοδρές αναταράξεις και έχασε απότομα ύψος, πέφτοντας από τα 25.000 στα 5.000 πόδια.
Αποτέλεσμα ήταν να βρουν τραγικό θάνατο έξι από τους 13 συνολικά επιβαίνοντες που εκείνη την ώρα δεν ήταν δεμένοι στις θέσεις τους: ο Γιάννος Κρανιδιώτης, ο γιος του, Νικόλας, οι δημοσιογράφοι Δημήτρης Πανταζόπουλος (της ΕΡΤ) και Νίνα Ασημακοπούλου (της ΕΡΑ), ο εικονολήπτης της ΕΡΤ Παναγιώτης Πούλος , ο συνοδός της φρουράς του, αστυνόμος Νίκος Ασημακόπουλος και ο μηχανικός του αεροσκάφους Μιχάλης Παπαδόπουλος».
Ο Γιάννος Κρανιδιώτης ήταν παντρεμένος με τη διπλωματική υπάλληλο Αικατερίνη Μπούρα και είχε έναν γιο, το Νικόλα, ο οποίος σκοτώθηκε μαζί του στο ίδιο δυστύχημα.
Με αφορμή την μαύρη αυτή επέτειο, ο αντιπρόεδρος της κυβέρνησης Ευάγγελος Βενιζέλος χαρακτήρισε τον Γ. Κρανιδιώτη ως έναν «ταλαντούχο , οξυδερκή διπλωμάτη, οραματιστή πατριώτη υποδειγματικό δημόσιο λειτουργό».
Μεταξύ όλων ο κ. Βενιζέλος τόνισε:«όλη η ζωή και η πορεία του υπήρξε στην κυριολεξία μια ζωντανή γέφυρα μεταξύ Ελλάδας και Κύπρου, ενώ η παρουσία του στο δημόσιο βίο αποτελούσε και συνεχίζει να αποτελεί ένα σύμβολο συνεχούς και αδιάλειπτης συμπόρευσης του ελλαδικού και του κυπριακού Ελληνισμού.
«Είχα την τύχη και το προνόμιο να συνδεθώ και να συνεργαστώ στενά με τον Γιάννο Κρανιδιώτη, ιδιαίτερα κατά την περίοδο που ξεκίνησε και τροχοδρομήθηκε η ευρωπαϊκή πορεία της Κυπριακής Δημοκρατίας. Και γνωρίζω προσωπικά πόσο συνέβαλαν οι επιτυχείς, λεπτοί, πολιτικοί και διπλωματικοί του χειρισμοί στο να είναι σήμερα η Κυπριακή Δημοκρατία ένα απόλυτα ασφαλές και ισότιμο κράτος – μέλος της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Ο ίδιος οραματίστηκε και εργάστηκε σκληρά για την ένταξη της Κύπρου στην Ευρωπαϊκή Ένωση, εκτιμώντας σωστά ότι η εξέλιξη αυτή θα αποτελούσε τον καταλύτη για την επανεκκίνηση των διπλωματικών προσπαθειών για τον τερματισμό της κατοχής και την επανένωση της νήσου» πρόσθεσε.
«Σε μια εποχή που ο Ελληνισμός βρίσκεται αντιμέτωπος με κρίσιμες προκλήσεις, τιμούμε σήμερα τη μνήμη του πολιτικού και διπλωμάτη Γιάννου Κρανιδιώτη και κρατάμε ζωντανή την πολιτική του παρακαταθήκη, συνεχίζοντας, σε στενή συνεργασία με την Κυπριακή Κυβέρνηση, τις προσπάθειές του για την επίτευξη μιας δίκαιης και βιώσιμης λύσης του Κυπριακού», κατέληξε ο κ.Βενιζέλος.